• 業務部：設有第一果菜批發市場、第二果菜批發市場進行果菜拍賣交易執行及管理。
• 營業部：供應大台北地區連鎖超市、學校、機關團體等單位蔬果；天然災害期間，供應平價蔬果緩和價格。
• 企劃部：編印農產運銷報導月刊與相關宣傳品、接待國內外單位及學術團體參訪。
• 資訊部：分析與統計果菜行情資料以供各單位查詢使用。
• 管理部：掌理人事、庶務、現金出納、財產管理、機電維修等業務事項。
• 財務部：編制營業預算、辦理各項收支審核及帳務事宜。

總經理　吳芳銘

現職：臺北農產運銷股份有限公司總經理
學歷：

• 國立中正大學政治學碩士
• 國立政治大學經營管理碩士

經歷：

• 嘉義縣副縣長
• 高雄市政府農業局局長
• 雲林縣政府農業處處長